在了解了质子治疗基本概念后，我们知道它的优势在于进入人体后精准的剂量分布：肿瘤处高剂量，同时避免正常组织处不必要的剂量累积。有患者会问，究竟临床上，质子治疗如何执行？又该多久做一次呢？
目前临床上常用的质子治疗流程与传统放射治疗相似，除少数情况下可一次治疗完成之外，多数情况都是采“分次治疗”，治疗频率与总次数则依临床状况而定。常见的情况是周一至周五每天治疗1次，每次的治疗时间约30分钟左右，过程一般不需麻醉，且照射到身体时不会烫也不会痛。在总治疗次数部分，少则约3至5次，多则可达30次以上。
质子治疗得经过多道准备程序
因此，我们可以知道，质子治疗的疗程短则1周内，长则可达近2个月。在这么长的时间当中，要确保质子射线能精准命中肿瘤目标，就需要仰赖完整的流程规划。在真正开始将质子照射进入体内前，是需要经过非常多的准备程序。
以武汉市蔡甸区肿瘤医院肿瘤科为例，主要流程大致有以下几项：会诊→固定器设计制作→取得图像→靶区勾画→治疗计划设计→治疗计划质量保证再确认→病患每日（次）治疗。
第1步：门诊或会诊
目的：医师说明治疗目的、疗效与副作用
求诊的病患会从放射肿瘤科门诊或是其他科前来会诊，医生判断并解释质子在每个病患、不同肿瘤情况下是否适合实施、可能的结果以及可能产生的副作用，沟通以及清楚确认细节完毕之后，进入治疗流程。
第2步：固定器设计制作
目的：找出最适合且固定效果最佳的治疗摆位及运动控制
进入治疗流程的第1件事，就是固定器的设计与制作。此步骤的目的就是针对所要治疗的部位，找出合适的治疗姿势和摆位。同时，为了确保整个疗程中，都能稳定维持在相同的姿势与位置，常会需要设计特定辅具来做协助。这部分需要高度的客制化，并仰赖医疗团队的专业和经验。医院肿瘤科来说，我们针对肿瘤较不移动的部位（如脑瘤、鼻咽癌、头颈癌等）客制化属于病患的头枕和模具，以方便未来每日治疗时，能以最舒适的姿势来进行治疗；而如肝癌、肺癌等会随着呼吸而移动的肿瘤，除了设计固定器之外，更需要对病患进行客制化的呼吸运动评价与训练，以确保治疗时能精准将质子正确地随着呼吸打在肿瘤位置。这个过程相当重要，强调“固定性”与“再现性”，因为不论设备如何先进，如果肿瘤位置有偏差，质子也会“精准偏差”了。
第3步：模拟定位摄影
目的：取得治疗图像，同时包含移动肿瘤／器官评估
我们进入取得治疗图像的部分，专业术语说是模拟定位摄影。这步骤简单来说，是要取得体内肿瘤部位和正常器官图像，才能设计质子从体外照射，打击该打击的、闪避应当闪避的组织。模拟定位摄影目前标准皆是以电脑断层来进行，而同时配有核磁共振，以利肿瘤部位及体内正常组织的精确判读。而针对会移动或形变的器官，也会在模拟定位摄影时采取四维的图像撷取，以利后续治疗评估。
以上几个流程，都需要病患的参与和配合；接下来的工作，则是由医疗人员在幕后来进行。
第4步：靶区勾画
目的：医生在图像上勾勒出需治疗的肿瘤部位及需保护的正常组织
这项工作高度仰赖放射肿瘤科医师的专业能力，过程类似于外科医师在进行手术。我们将模拟定位时所取得的病患图像放在电脑上（如同病患躺在手术台上），利用模拟定位所取得的病患图像，以及其他参考资料一并评价，针对肿瘤部位以及正常组织进行勾画标记，以利后续做治疗计划时能精准给予照射，好比是手术过程中要将肿瘤摘除并与正常组织分离。
这过程直接影响到治疗成效以及副作用，也是放射肿瘤医生训练的重点项目。如果应当照射的肿瘤部位未能正确勾画，那复发率就可能提高；相反的，如果该闪避的正常组织没正确勾画，副作用也可能就随照射产生。
第5步：治疗计划设计
目的：依据处方，客制化治疗角度与剂量给予
当医生勾画好靶区后，便进入到治疗计划设计。这步骤是在已经勾画好的肿瘤图像上，依据医生的处方：包括肿瘤需照射的剂量、以及正常组织可承受的耐受剂量等，而依据质子中心设备的条件，由物理师或剂量师在电脑上进行模拟，来客制化设计质子照射方式，包含照射角度的选择、剂量需求的最佳化运算等等，目的是要达成医生的处方。
由于质子本身物理与生物特性不同于传统的光子治疗，治疗计划设计时的考察点也大有不同。在不同的质子设备，也会有设计考察的不同。比如度全方位的质子机座，相较于小角度或固定角度的单位，就能在治疗计划时给予更高的自由度。而笔尖式扫描的质子设备，相较于散射式质子设备，也能提供较高的计划复杂度来因应不同肿瘤的需求。
第6步：治疗计划质量保证
目的：确认计算机仿真与实际治疗输出一致
最后一步治疗施做之前，必须完成治疗计划的质量保证确认，以确认治疗计划与机器输出的一致性。由物理师来执行确认质量保证的验证内容，每位病患、每个照射，都必须完成治疗计划质量保证报告，才能让病患进入治疗。
第7步：进行治疗
目的：依照已完成并经验的治疗计划执行摆位、导航与治疗
每次治疗时，放射技师会协助病患躺到治疗台上，依当初设计好的摆位与模具，将病患固定在正确的治疗位置，然后进行治疗。在真正打出质子射线之前，为确保治疗准确无误，一般都会进行治疗前的图像导航后才打出质子射线。导航虽然会增加病患躺在治疗床上的时间，但对临床质子治疗的精准度却能大幅提升，医院也必须依据自己的设备，拟定单位内的SOP。
程序精细且复杂，实施者经验更是关键
如此尖端科技的治疗方式，每一次得经过许多精细且复杂的程序，不仅得有高度专业医疗评价和处方，也需要病患与医疗专业人员在程序多方合作，才能顺利完成每一次的治疗目的。
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